Il gesuita tedesco Athanasius Kircher (1602-1680) fu un personaggio dal sapere enciclopedico; si interessò infatti alla matematica, all'ottica, alla musica, al magnetismo; fu profondo conoscitore delle lingue orientali, fra cui il Copto e il cinese e la sua opera è una straordinaria commistione di scienza e magia naturale e soprannaturale; chiamato dal Papa a Roma dopo la condanna di Galileo, fondò un museo presso il
Collegio Romano (Museo Kircheriano), una camera delle meraviglie (Wunderkamer) Museum Wormianum, dove vennero esposte numerose macchine di sua invenzione, fra cui una lanterna magica, che segna la nascita del cinematografo moderno, ma anche una ruota musicale, sistemi di alimentazione a vento oppure per mezzo di magneti. In essa erano presenti anche reperti animali, a cui Kircher si interessava per uno studio sul Diluvio Universale,
di cui si sforzava di rintracciare documenti. Nel museo, i cui reperti sono
andati per lo più dispersi, era
presente una mandibola di capodoglio, ritrovata da alcuni pescatori nel Tevere; il gesuita tedesco aveva pensato ad una sua possibile connessione con la storia del profeta Giona inghiottito da una balena.
Con la sua Lanterna Magica, di cui fornì una precisa descrizione nel volume Ars magna lucis et umbrae (1645) Kircher rovesciò il sistema della camera oscura: in questo caso, immagini su vetro, poste a fuoco da un obiettivo, provvisto di una lente parabolica e illuminato da una lampada ad olio, venivano proiettate su uno schermo.
Kircher fu fra l'altro uno dei più grandi microscopisti del Seicento e in Scrutinium physico-medicum contagiosae luis del 1658 riprese la teoria dell'origine microbica delle malattie contagiose di Fracastoro (1478-1553), che attribuiva la causa delle epidemie alla diffusione di "seminaria" invisibili, riuscendo ad osservare e descrivere questi microrganismi al microscopio. In bilico fra modernità e retaggi del passato, fu uno strenuo difensore della
generazione spontanea, entrando così in polemica con Francesco Redi.