Componente autotrofa e componente eterotrofa sono a volte separate almeno parzialmente nello spazio e nel tempo. Nello spazio, perché l'energia luminosa è ovviamente più disponibile negli strati alti di un ecosistema, nel tempo, perché parte delle sostanze prodotte dagli autotrofi possono essere consumate o decomposte anche dopo un lungo intervallo temporale.
Nonostante questa possibile separazione, le interazioni tra produttori, decompositori e consumatori sono comunque molto strette e i tre tipi di organismi non mancano mai qualunque sia l'ecosistema, terrestre, marino o di acqua dolce.
Un ecosistema può, dunque, essere studiato da un punto di vista "strutturale" e da un punto di vista "funzionale".
Da un punto di vista funzionale o trofico un ecosistema ha due componenti: una autotrofa in cui predomina la fissazione dell'energia luminosa e l'utilizzazione di sostanze inorganiche semplici per la sintesi di sostanze complesse; e una eterotrofa, in cui predominano la utilizzazione, la trasformazione e la decomposizione delle sostanze complesse. La componente eterotrofa può essere suddivisa, poi, in: biofagi che utilizzano come cibo gli altri organismi, e saprofagi: che si nutrono di materia organica in decomposizione.