In generale nell'ambito di una comunità si possono distinguere parti che sono, a loro volta, biologicamente chiuse e dunque costituiscono anch'esse delle comunità Ad esempio, dentro l'ecosistema costituito da una foresta cedua si può distinguere la comunità degli animali che vivono in un tronco caduto. Le dimensioni di un ecosistema sono variabilissime, proprio perché la definizione permette di individuare una struttura in cui il tutto è costituito da parti con le stesse caratteristiche del tutto e il tutto può essere a sua volta parte di un tutto più grande. Questa struttura si ritrova ovviamente in altre discipline diverse dalla biologia ed è tipica di quegli enti che vengono chiamati sistemi. Questo giustifica l'uso del termine ecosistema, anche se va ricordato che molti autori, soprattutto europei, preferiscono usare i termini biocenosi (cioè comunità biologica) e biogeocenosi al posto rispettivamente di comunità ed ecosistema.