La speciazione geografica o allopatrica si attua quando incidentalmente un esiguo numero di individui di una data popolazione viene a trovarsi isolato a causa di una qualche barriera: pochi semi trasportati accidentalmente in un territorio isolato (per esempio su un'isola), un gruppetto di animali che si trova improvvisamente separato dalla popolazione madre da una grossa frana ecc. 

Il pool genico della popolazione fondatrice già inizialmente sarà diversificato per motivi statistici. Le nuove condizioni ambientali favoriranno per selezione ulteriori cambiamenti genetici, per cui, se l'isolamento permane per un periodo sufficientemente lungo, la  specie neoformata non sarà più in grado di incrociarsi con la popolazione a cui un tempo apparteneva, anche se rientrasse  in contatto con questa.

La popolazione isolata geograficamente, ancora molto simile agli individui della specie di provenienza,  evolverebbe in una sottospecie ancora in grado di incrociarsi con altre popolazioni, qualora fosse possibile infrangere la barriera geografica e incontrare il gruppo madre ai confini dei rispettivi areali di distribuzione, ma finisce con il trasformarsi in una specie vera e propria se l'isolamento permane; così non potrà più incrociarsi liberamente con le altre popolazioni.